یکی از گلوگاه‌های اصلی فساد در کشور گمرگ است اما اغلب مردم گمرگ را ورودی قاچاق کالا می‌پندارند، در صورتی که قاچاق تنها یکی از مظاهر فساد در گمرگ است. براساس تحقیقات صورت گرفته، از اخذ مجوز برای واردات و صادرات تا اخذ کالا از انبار، امکان هر سوءاستفاده و فسادی وجود دارد. در صورتی که در بیشتر کشورها گمرگ الکترونیک با امکاناتی نظیر تسریع و سادگی در تشریفات گمرکی، نظارت دقیق و شفاف بر امور گمرگی و … توانسته‌اند در کاهش فساد موثر باشند. ایران نیز در برنامه‌های متعددی به دنبال راه‌اندازی سامانه جامع و مکانیزه گمرگی است.
